AI 可以帮助化学家筛选分子、帮助生物学家分析细胞,也可以用于天气预测、数学证明和金融建模。研究者还在尝试让 AI 自己选择训练方案、运行实验和改进代码。
AI 怎样参与研究
化学与材料:预测性质、规划反应、寻找新材料
一个分子是否易溶于水,一种晶体是否稳定,一组反应物会生成什么?AI 可以从结构和实验记录中预测性质、筛选候选,也可以学习能量与力,降低分子动力学的计算成本。
性质预测
把分子表示成原子与键组成的图,或带三维坐标的结构,预测溶解度、能量等目标量。MPNN 是图学习进入量子化学的经典入口。
反应与合成
正向预测从反应物推断产物;逆合成从目标分子寻找前体和合成路线。Molecular Transformer 把反应物与产物的 SMILES 字符串当作序列来建模。
材料发现与模拟
GNoME 用图网络和第一性原理计算筛选稳定晶体;Deep Potential 学习势能,提供分子动力学所需的能量与力。主动学习会根据已有结果选择下一批计算或实验。
- 2017MPNN
结构 → 性质
- 2018–2019Deep Potential / Molecular Transformer
模拟与反应预测
- 2023GNoME
模型筛选 + DFT 验证
论文与学习入口
- Molecular Transformer ↗2019 · 反应预测
- GNoME ↗2023 · 晶体稳定性与材料发现
- DeepChem ↗分子任务与教程
- Therapeutics Data Commons ↗药物发现任务与数据
- DeePMD-kit ↗学习势能与分子动力学
- SMILES
- 用字符串记录分子结构的表示方式。
- DFT
- 密度泛函理论,一类计算电子结构、能量等性质的方法。
可以动手做什么
用 DeepChem 的一个溶解度数据集,比较分子指纹加传统回归与图网络。分别使用随机划分和分子骨架划分,看看换到新骨架后误差怎样变化。
物理与气象:学习方程的解,预测系统的演化
流体怎样运动、温度怎样扩散、未来几天的天气怎样变化,通常都涉及随空间和时间变化的物理量。AI 可以近似这些方程的求解过程,也可以根据观测预测物理系统的演化。
把方程放进训练
物理信息神经网络(PINNs)把方程残差、边界条件和观测误差一起用于训练。研究重点包括约束怎样发挥作用,以及模型怎样处理复杂区域和多尺度变化。
学习一类问题的解
神经算子学习函数到函数的映射,例如从初始条件预测整个流场。FNO 在频域中构造运算,用一组问题的解训练,再处理新的输入条件。
预测天气与不确定性
GraphCast 用图网络预测全球气象场;后续概率预测路线通过多个可能的未来描述不确定性。研究者会比较预测误差、极端天气表现和计算时间。
- 2019PINNs
方程约束进入训练
- 2021FNO
学习函数之间的映射
- 2023GraphCast
全球气象场预测
论文与学习入口
- PINNs ↗作者介绍与例子
- Fourier Neural Operator ↗2021 · ICLR
- GraphCast ↗2023 · Science
- NeuralOperator ↗神经算子实现与教程
- PDE
- 偏微分方程,描述一个量如何随空间、时间等变量变化。
- 神经算子
- 学习输入函数到输出函数映射的模型,例如初始场到未来流场。
可以动手做什么
从一维扩散或 Burgers 方程开始,用数值解作为参照,比较模型在不同初始条件下的预测;画出误差随时间的变化。
蛋白质与酶:从序列到结构,再到功能设计
蛋白质由氨基酸序列组成,折叠后的结构与它能做什么密切相关。AI 既可以预测结构,也可以寻找具有目标性质的天然序列,或者提出新的设计。
表征与结构预测
蛋白质语言模型从序列中学习可迁移特征;AlphaFold2 结合序列、进化信息和几何关系预测三维结构。AlphaFold3 进一步处理蛋白质、核酸与小分子等组成的复合物。
序列与骨架设计
ProteinMPNN 根据给定骨架设计序列,RFdiffusion 生成满足约束的骨架,ESM3 联合利用序列、结构和功能信息。设计流程会接着检查表达、稳定性、结合或催化活性。
酶挖掘与改造
酶挖掘从天然序列库找候选;酶工程改造已有酶;从头设计围绕目标反应构建新候选。VenusMine 从结构与序列线索检索,VenusRXN 从化学反应出发匹配酶。
- 2021AlphaFold2
结构预测
- 2022–2023ProteinMPNN / RFdiffusion
序列与骨架设计
- 2025–2026AMix-1 / AMix-2
条件生成与蛋白质—文本建模
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酶工程怎样形成实验循环
零样本打分可以先对突变排序;少量实测数据可用于拟合指定性质;主动学习则根据已有结果与不确定性挑选下一批实验。每轮把新测得的活性或稳定性写回数据,再更新候选排序。
从头设计看哪些约束
可以围绕催化核心寻找承载它的骨架,也可以在已有骨架中组织局部相互作用。催化几何、可折叠性、稳定性以及反应条件,都决定了后续需要做什么实验。
基础模型的新路线
AMix-1 用贝叶斯流网络建模蛋白质,并探索多序列比对条件与推理时搜索;AMix-2 把蛋白质和文本纳入统一建模,采用块间因果生成、块内扩散。阅读时可以分别追踪条件输入、候选生成和验证器的作用。
论文与学习入口
- AlphaFold3 ↗复合物结构预测
- ProteinMPNN ↗给定骨架设计序列
- RFdiffusion ↗生成蛋白质骨架
- ESM3 ↗序列、结构与功能生成
- VenusMine ↗结构引导的酶挖掘
- VenusRXN ↗反应条件下的酶检索
- AMix-1 ↗贝叶斯流网络与推理时搜索
- AMix-2 ↗蛋白质与文本统一建模
- MSA
- 多序列比对,把相关蛋白质序列对齐,用来观察进化中的保守与变化。
- 逆折叠
- 给定蛋白质骨架,寻找能够形成该结构的氨基酸序列。
可以动手做什么
选一个带实测性质的蛋白质数据集,比较简单序列特征与冻结的预训练表征。按同源关系划分数据,检查新家族上的预测;结构任务可以先读 AlphaFold 的一个预测结果和置信度图。
基因组:序列变化怎样影响基因调控
DNA 变异可以改变蛋白质编码,也可以影响调控元件、表达或剪接。基因组模型尝试把长序列中的这些关系变成可预测的信号,帮助研究者分析变异发生后可能改变什么。
序列到信号
输入一段 DNA,预测表达、染色质可及性、转录因子结合或剪接等实验相关信号。
比较变异前后
分别输入原始序列和变异序列,比较预测的变化。AlphaGenome 是结合长序列与多任务输出的代表工作。
连接细胞背景
同一个变异在不同组织或细胞状态中可能产生不同影响。把序列模型与细胞模型联系起来,需要对齐组织、条件和测量对象。
- 序列建模DNA 上下文
理解编码与调控区域
- 多任务预测AlphaGenome
同时预测多种分子信号
- 变异分析对照与干预
比较预测与实验变化
论文与学习入口
- AlphaGenome 研究介绍 ↗问题、输入输出与示例
- AlphaGenome ↗官方工具与示例
- 非编码区域
- 不直接编码蛋白质的 DNA 区域,其中一部分参与基因调控。
- 剪接
- RNA 加工中连接外显子、去除内含子的过程,不同方式可产生不同转录本。
可以动手做什么
沿官方示例比较一个变异前后的预测轨迹,记录位置、组织和输出信号,说明变化发生在哪个区段,并寻找相应实验测量。
细胞:理解状态,预测干预后的变化
单细胞数据记录每个细胞中哪些基因正在表达。研究从“这是什么细胞、处于什么状态”继续走向“改动一个基因或加入药物,它会怎样响应”。空间组学还保留细胞在组织中的位置。
细胞表征
Geneformer、scGPT、UCE 从大量单细胞数据学习基因或细胞表示,用于注释、整合等任务。数据处理需要保留生物差异,同时处理测序深度、噪声和批次影响。
扰动与虚拟细胞
给定细胞背景、基因或药物扰动,预测表达变化。虚拟细胞希望进一步连接模态、尺度与动态过程;扰动响应是其中一个明确的研究任务。
空间关系与生物制造
FLAG 从病理图像预测空间基因表达,关注基因之间和组织位置之间的关系。生物制造还研究代谢网络、表达负担与资源分配,辅助提出菌株改造方案。
- 表征Geneformer / scGPT / UCE
学习细胞与基因表示
- 关系scPRINT / FLAG
基因网络与空间结构
- 响应虚拟细胞
预测干预后的状态
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状态、动力学与数据建设
不少单细胞数据是不同细胞的测量快照。研究时间演化时,需要结合采样时间、谱系或扰动实验。数据应记录组织、供体、批次和测量模态;扰动数据还要记录对象、剂量、时间与对照。
基因网络与空间结构怎样评价
基因关联网络可与已知调控和干预数据对照;空间表达预测则同时比较逐点误差、基因之间的关系和空间分布。针对未来用途,可以留出新供体、新组织或未见扰动。
论文与学习入口
- Geneformer ↗2023 · 单细胞预训练
- scGPT ↗2024 · 单细胞基础模型
- UCE ↗跨数据集细胞表示
- scPRINT ↗基因网络推断
- FLAG ↗2026 · 空间表达预测
- Scanpy 教程 ↗单细胞处理、降维与聚类
- 批次效应
- 由实验时间、设备或流程差异带来的系统性数据变化。
- 扰动预测
- 根据基因编辑、药物等干预及细胞背景,预测细胞响应。
可以动手做什么
用 Scanpy 处理一个公开单细胞数据集,先做质量控制、PCA 和聚类,再比较预训练表示。分别按细胞类型与实验批次着色,观察分组究竟来自哪里。
脑电:从神经信号到状态识别与解码
脑电记录头皮电极上的电信号随时间怎样变化。AI 可以帮助识别状态、检测事件、学习跨被试表示,也可以把信号与看见的图像等刺激建立联系。
时序与空间表征
电极位置、采样率、滤波和伪迹处理共同决定输入。模型会利用频段、时间变化及通道之间的关系。
基础模型与迁移
预训练后可以冻结编码器做线性探测,也可以微调;同一被试内和新被试上的测试回答不同问题。EEG-FM-Compass 整理了这类评估。
视觉解码与生成
DreamDiffusion 把脑电表征连接到预训练图像生成模型,并利用 CLIP 视觉监督。EEG-CLIP 是另一条对齐路线,可对照它们怎样建立信号与图像的联系。
- 信号处理时频特征
从通道与时间认识数据
- 2023DreamDiffusion
信号对齐与条件生成
- 2026EEG-FM-Compass
基础模型与迁移评估
继续读
怎样检查解码用了什么信息
先固定刺激和被试划分,再比较正确配对、打乱配对和移除脑电条件的结果。这样能观察生成结果有多少依赖输入信号,以及新被试、会话或设备会带来什么变化。
论文与学习入口
- EEG-FM-Compass ↗2026 · 综述与评估
- DreamDiffusion ↗脑电引导图像生成
- EEG-CLIP ↗脑电与视觉表征对齐
- MNE 教程 ↗脑电数据、预处理与可视化
- 被试
- 参与实验、提供神经信号的人。
- 伪迹
- 眼动、肌电或设备等引入的非目标信号。
可以动手做什么
用 MNE 查看一段公开脑电,画出原始波形与功率谱,再做一个事件分类。把训练与测试按被试分开,比较传统特征和预训练表示。
医学影像:定位结构,测量运动与功能
在 CT、MRI 或病理图像中,模型可以标出器官与病灶、对齐不同图像,再从轮廓和运动中计算体积等指标。影像方法由计算机视觉发展而来,研究问题则来自具体的检查与测量需求。
三维分割
3D U-Net、V-Net 处理体数据;UNet++ 调整多尺度特征融合;Swin UNETR 引入 Transformer 上下文建模。可以对照它们怎样保留细节、利用空间关系。
配准与功能测量
配准估计图像或不同时间帧之间的对应。CMRINet 联合分析心脏电影 MRI 的配准与分割,把结构识别连接到心脏功能量化。
纵向变化
随访图像帮助研究病程与变化。需要记录采样时间、治疗、缺失随访等条件;外部中心与设备的数据可用于检验方法的适用性。
- 20163D U-Net / V-Net
体数据分割
- 2018–2022UNet++ / Swin UNETR
特征融合与全局上下文
- 2025CMRINet
时序结构与功能分析
论文与学习入口
- 3D U-Net ↗三维分割
- V-Net ↗体数据与 Dice 目标
- UNet++ ↗嵌套跳跃连接
- Swin UNETR ↗三维 Transformer 分割
- 边界损失 ↗类别不平衡与轮廓
- CMRINet ↗联合配准与分割
- MONAI Tutorials ↗数据处理与训练示例
- 体素
- 三维图像中的一个小体积单元,对应二维图像的像素。
- Dice / HD95
- 前者衡量区域重叠,后者描述轮廓距离,两者关注不同错误。
可以动手做什么
从 MONAI 的一个分割例子开始,按患者划分数据。并排显示原图、标注和预测,比较区域重叠与边界距离,挑出三种典型错误。
数学与算法:搜索证明,发现更好的构造
数学中的 AI 可以提出证明步骤、补充几何构造,也可以搜索满足条件的对象和更高效的算法。一个关键优势是:不少候选能交给形式化证明器、程序或精确计算来检查。
证明搜索
AlphaGeometry 将语言模型提出的辅助构造与符号推理结合。形式化证明路线则把命题和步骤写进 Lean 等系统,由内核检查证明。
数学构造
FunSearch 让语言模型提出程序,再运行评价函数挑选有用的候选;论文研究了 cap set 等组合问题。模型搜索的是产生构造的程序。
算法发现
AlphaEvolve 将代码生成、评价器与进化搜索结合,寻找更好的算法和数学构造。运行速度、正确性或目标值可以成为反馈。
- 2023FunSearch
程序生成 + 评价
- 2024AlphaGeometry / AlphaProof
构造搜索与证明
- 2025AlphaEvolve
算法的迭代优化
论文与学习入口
- FunSearch ↗2023 · 数学构造与程序搜索
- AlphaGeometry ↗2024 · 辅助构造与符号推理
- AlphaProof ↗形式化数学推理
- AlphaEvolve ↗2025 · 算法发现
- Mathematics in Lean ↗形式化证明入门
- 形式化证明
- 用精确定义和推理规则写出、由证明助手检查的证明。
- 评价器
- 执行候选并给出正确性或目标分数的程序。
可以动手做什么
可以先用 Lean 完成几道基础证明,看看“步骤看起来对”和“系统接受证明”之间需要补哪些条件;也可以给一个装箱启发式写评价器,让模型提出修改并在留出的实例上比较。
金融:从文本和时序数据到预测与决策
金融 AI 涉及财报与新闻理解、风险识别、时间序列预测、组合构建和交易执行。模型的输入既有价格、成交量等结构化数据,也有公告和报告中的文字。
金融文本
FinGPT 提供金融语言模型及数据、微调等研究入口,可以从情绪、事件和信息抽取任务理解领域语言建模。
量化预测与回测
Qlib 把数据处理、特征、模型、组合与回测连接起来。因子是用于描述或预测市场行为的特征,研究需要追踪它在什么时间能够被获得。
决策与自动研发
FinRL 研究序列决策;RD-Agent-Quant 让 Agent 迭代因子和模型。评价中会同时看收益、风险、换手率、交易成本和不同市场时期的表现。
- 2020Qlib
完整量化研究流程
- 2021–2023FinRL / FinGPT
决策与金融语言模型
- 2025RD-Agent-Quant
因子与模型联合优化
论文与学习入口
- Qlib ↗框架、论文与研究示例
- FinGPT ↗金融文本与大模型
- FinRL ↗强化学习交易研究框架
- RD-Agent-Quant ↗因子与模型自动优化
- Qlib 文档 ↗数据与回测流程
- 回测
- 按历史时间推进,模拟当时可获得的信息与决策结果。
- 前视偏差
- 在预测或决策时使用了当时尚不可获得的信息。
可以动手做什么
阅读 Qlib 的一个预测与回测例子,标出特征、标签、训练期和测试期。用同一时间划分比较一个简单模型与复杂模型,并查看计入交易成本前后的结果。
图学习与时间序列:研究关系和变化
交通、社交、交易和电网都包含关系,也随时间变化。图学习处理“谁与谁相连”,时间序列处理“过去怎样影响未来”,两者还可以组合成时空预测。
节点、边和整体结构
图任务可以预测节点类别、是否存在一条关系,或整张图的性质。分子图与社交网络共享消息传递等方法,但标签和评价不同。
趋势、周期与预测
时序研究会区分趋势、周期和异常,比较统计方法与深度学习方法。测试按时间推进,以匹配真正预测未来的使用方式。
时空系统
路网中的道路相连,交通状态又随时间变化。建模时既要描述空间依赖,也要解释外部事件和时间尺度。
- 关系图与消息传递
节点、边、整图任务
- 变化趋势与周期
时间顺序中的预测
- 组合时空图
交通等动态系统
论文与学习入口
- Stanford CS224W ↗图机器学习课程
- Forecasting: Principles and Practice ↗统计预测教材 · R
- tsai ↗Python 时间序列工具
- 消息传递
- 节点聚合邻居与边的信息,逐层更新自己的表示。
- 滚动预测
- 随着时间前移,反复使用当时已有的数据预测后续区间。
可以动手做什么
在一个时间序列上比较“最后一个值”、季节性参照与学习模型,做滚动预测;图任务则先画出节点和边各代表什么,再决定训练与测试怎样划分。
AutoML:自动选择模型和训练配置
学习率、树的深度、特征处理和网络结构都会影响结果。AutoML 研究怎样在给定任务和计算预算内,自动找到较好的模型与训练方案。
超参数优化
网格搜索、随机搜索、贝叶斯优化等方法决定下一组配置。Optuna 支持动态搜索空间和剪枝,提前停止表现不佳的试验。
模型与流程选择
自动选择数据预处理、特征处理、模型和集成方案。比较时需固定数据划分和预算,记录搜索本身的开销。
结构搜索与元学习
神经架构搜索(NAS)寻找网络结构;元学习利用过去任务的经验帮助新任务。可以研究怎样减少搜索成本、怎样跨任务迁移。
- 配置HPO
学习率等超参数
- 流程模型与特征选择
完整学习流程
- 结构与经验NAS / Meta-learning
结构搜索与跨任务知识
论文与学习入口
- AutoML 教材 ↗方法、系统与开放问题
- Optuna ↗搜索、剪枝与可视化
- Optuna 论文 ↗2019 · KDD
- 超参数
- 训练前设定的配置,如学习率、正则强度或层数。
- 剪枝
- 根据中途结果停止希望较小的训练,把预算留给其他试验。
可以动手做什么
给一个已有分类器限定 20 次训练预算,比较随机搜索与 Optuna。画出“累计耗时—当前最佳验证分数”,最后只用保留的测试集评价选出的配置。
自动研究:让想法进入实验,再用结果继续推进
科研中有不少可执行环节:查资料、提出候选、改代码、运行实验、分析结果和写报告。自动研究系统尝试把这些环节连接起来,让上一次结果影响下一步实验。
实验循环
autoresearch 围绕单 GPU 的语言模型训练实验,让 Agent 修改训练代码并比较结果。系统根据评价指标选择是否保留改动,实验受固定的训练预算约束。
从想法到论文
AI Scientist 将实验设计、代码执行、结果分析和论文撰写组织在同一流程中;v2 进一步探索 Agent 驱动的树搜索。
研究证据与记录
每个候选对应配置、代码版本、运行日志和结果。读这类系统时,可以从一个结论反查它由哪些实验支持,以及失败的候选如何影响后续选择。
- 2024AI Scientist
实验、分析与写作
- 2025AI Scientist-v2
Agent 驱动的树搜索
- 训练实验autoresearch
受预算约束的迭代
论文与学习入口
- AI Scientist ↗初代系统与实验模板
- AI Scientist-v2 ↗2025 · 树搜索研究流程
- autoresearch ↗自动迭代训练实验
- 实验预算
- 允许消耗的训练时间、算力、调用次数等资源。
- Agentic tree search
- 把不同实验方案及后续改动组织成树,根据已有结果继续探索。
可以动手做什么
从已有的小实验开始,固定数据、评价与运行预算,让 Agent 提出三种修改并实际执行。把每个修改、日志和结果放在一起,写出下一轮选择哪条路线及原因。
RSI:系统能否改进自身的改进能力
递归自我改进(Recursive Self-Improvement)关注一个更进一步的问题:系统修改自己之后,能否变得更擅长做下一轮改进?研究对象可以是 Agent 的代码、工具、搜索策略,也可以涉及学习算法。
谁在被修改
AutoML 通常搜索预设空间中的配置;自动研究系统推进外部课题;自我改进系统还把自身工作方式作为修改对象。阅读时先找到实际变化的代码、策略或参数。
怎样保存和选择版本
Darwin Gödel Machine(DGM)让编码 Agent 修改自身代码,保存多个版本,并通过编码任务评估后继续探索。它的核心循环是版本生成、测试、保留与再次修改。
怎样观察持续改进
除了单次任务分数,还要比较多轮改进曲线、总计算成本和新任务上的效果。下一轮究竟因为系统能力改变而更好,还是因为投入了更多搜索,需要设计对照。
- 提出修改自身代码与工具
形成新版本
- 执行测试固定任务与预算
比较能力变化
- 继续改进版本档案与选择
追踪多轮效果
论文与学习入口
- Darwin Gödel Machine ↗2025 · 自我改进编码 Agent
- DGM 项目介绍 ↗方法、实验与代码入口
- AlphaEvolve ↗对照:有评价器的代码搜索
- 自我修改
- 系统改变自身的代码、工具或策略。DGM 主要修改 Agent 代码。
- 递归改进
- 一次改进还改变了继续改进的能力,从而形成后续迭代。
可以动手做什么
先读 DGM 的版本树,挑一个具体代码改动,追踪它怎样被提出、怎样被测量、后续版本是否继承它。再为一个简单工具 Agent 设计固定预算的版本对照。
把一个交叉问题做成小项目
选定一个问题后,把数据、模型和验证接成一条完整的研究流程。
- 说清研究对象。 一个样本是一条序列、一名患者、一个细胞,还是某个时刻的市场?目标量怎样测得,有什么单位?
- 保留学科结构。 分子有旋转与对称性,图有关系,时序有先后,医学图像有体素间距。表示、模型和损失各自保留了哪些信息?
- 确定要面对的新条件。 新分子骨架、新蛋白质家族、新供体、新被试、新患者或未来时间段,对应不同的数据划分。
- 建立参照,再分析变化。 比较简单方法与新模型,检查错误集中在哪些条件;候选设计接入后续计算或实验,记录这轮结果怎样影响下一步。
学习时间序列还可以看 Forecasting: Principles and Practice 的趋势、预测与评价方法,教材示例使用 R;Python 项目可看 tsai。
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